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有外遇离婚的，对于孩子抚养权的归属并没有很大的影响。如果双方可以自行协商孩子由谁扶养的，则双方自行协商即可；如果无法协商的，则可以由法院判决。法院一般会判决两周岁以下的孩子由女方抚养，两周岁以上的孩子，综合考虑双方的经济收入、住宿、教育环境、生活环境、孩子的年龄等因素，按照按照最有利于未成年子女的原则判决抚养权到底归哪一方。需要注意的是，如果孩子在两周岁以下，但女方有下列情况的，抚养权会判给男方：（1）患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，子女不宜与其共同生活的；（2）有抚养条件不尽抚养义务，而父方要求子女随其生活的；（3）因其他原因，子女确无法随母方生活的。
《最高人民法院关于人民法院审理离婚案件处理子女抚养问题的若干具体意见》第三条对两周岁以上未成年的子女，父方和母方均要求随其生活，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：（1）已做绝育手术或因其他原因丧失生育能力的；（2）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利的；（3）无其他子女，而另一方有其他子女的；（4）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活的。